Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX1P39880 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX1P39880 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX1P39880 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX1P39880 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX1P39880 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX1P39880 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX1P39880 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX1P39880 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX1P39880 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX1P39880 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX1P39880 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX1P39880 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX1P39880 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX1P39880 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX1P39880 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX1P39880 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX1P39880 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX1P39880 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX1P39880 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX1P39880 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX1P39880 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX1P39880 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX1P39880 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX1P39880 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.33
CUX1P39880 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.33
CUX1P39880 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.33
CUX1P39880 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX1P39880 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX1P39880 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX1P39880 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX1P39880 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX1P39880 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX1P39880 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX1P39880 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX1P39880 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX1P39880 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX1P39880 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX1P39880 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX1P39880 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX1P39880 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CUX1P39880 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CUX1P39880 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CUX1P39880 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CUX1P39880 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CUX1P39880 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CUX1P39880 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CUX1P39880 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CUX1P39880 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CUX1P39880 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CUX1P39880 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC35.77■■■■□ 3.32
CUX1P39880 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms