Protein–RNA interactions for Protein: P19447

ERCC3, TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit, humanhuman

Predictions only

Length 782 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC3P19447 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
ERCC3P19447 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ERCC3P19447 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ERCC3P19447 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms