Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL6A1P12109 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A1P12109 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms