Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS28Q9UK41 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms