Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms