Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS53Q5VIR6 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms