Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CHD3Q12873 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
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