Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms