Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS29Q9UBQ0 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms