Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC42Q96M95 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC42Q96M95 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC42Q96M95 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms