Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
SKA3Q8IX90 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA3Q8IX90 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms