Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
DKK3Q9UBP4 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 670.9 ms