Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN3AQ9NY46 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms