Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP39Q53GS9 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms