Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC32.4■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
TCOF1Q13428 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC32.36■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.36■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.34■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC32.34■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
TCOF1Q13428 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
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