Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	BSC2	YDR275W	708 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	VMA7	YGR020C	357 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YJL175W	YJL175W	513 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	TRI1	YMR233W	681 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MRPL17	YNL252C	846 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SIL1	YOL031C	1266 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YOL106W	YOL106W	354 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YPR027C	YPR027C	834 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YBR242W	YBR242W	717 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MSS4	YDR208W	2340 nt		3.65	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SEC59	YMR013C	1560 nt		3.65	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MNL1	YHR204W	2391 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	SRB7	YDR308C	423 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPN9	YDR427W	1182 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPS8B	YER102W	603 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YGL230C	YGL230C	444 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YVH1	YIR026C	1095 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YML053C	YML053C	639 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	END3	YNL084C	1050 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPS8A	YBL072C	603 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	NIP7	YPL211W	546 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	snR42	snR42	351 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	CTM1	YHR109W	1758 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	IOC2	YLR095C	2439 nt		3.65	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	ABP140	YOR239W	1887 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	SPT14	YPL175W	1359 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	BUD5	YCR038C	1929 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YBR238C	YBR238C	2196 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	UBC9	YDL064W	474 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	LSM4	YER112W	564 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	MBB1	YJL199C	327 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YLR012C	YLR012C	300 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	SRT1	YMR101C	1032 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YNL320W	YNL320W	855 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	AVT7	YIL088C	1473 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	GPI10	YGL142C	1851 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	EPO1	YMR124W	2832 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	GCN5	YGR252W	1320 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YPR148C	YPR148C	1308 nt		3.64	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	FMP25	YLR077W	1752 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	NUP60	YAR002W	1620 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RDH54	YBR073W	2877 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	CUE3	YGL110C	1875 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPS18A	YDR450W	441 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPS25A	YGR027C	327 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	CSM3	YMR048W	954 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	GOT1	YMR292W	417 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YPL109C	YPL109C	1974 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	BI3	Q0115	1554 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RNA14	YMR061W	2034 nt		3.63	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RIM4	YHL024W	2142 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	CIT1	YNR001C	1440 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	KRE5	YOR336W	4098 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	GSC2	YGR032W	5688 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	Q0144	Q0144	330 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	TDA10	YGR205W	873 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	AIM22	YJL046W	1230 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YLR347W-A	YLR347W-A	141 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPS10A	YOR293W	318 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	PIN3	YPR154W	648 nt		3.62	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YPR003C	YPR003C	2265 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YEL010W	YEL010W	351 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	COA4	YLR218C	453 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YMR158C-A	YMR158C-A	138 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	SSO2	YMR183C	888 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	TPM1	YNL079C	600 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YOR082C	YOR082C	342 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	GRX5	YPL059W	453 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	DIM1	YPL266W	957 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YPR078C	YPR078C	1119 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	GYP6	YJL044C	1377 nt		3.61	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	ACK1	YDL203C	1872 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	SKP2	YNL311C	2292 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	MON1	YGL124C	1935 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	STE6	YKL209C	3873 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPO31	YOR116C	4383 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	KIP3	YGL216W	2418 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	NOP4	YPL043W	2058 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	NKP1	YDR383C	717 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	CWC23	YGL128C	852 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YGL188C	YGL188C	174 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	MAK16	YAL025C	921 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YAL034C-B	YAL034C-B	354 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YAL064W-B	YAL064W-B	381 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RNH203	YLR154C	333 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	GLO1	YML004C	981 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YMR310C	YMR310C	954 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	HUA2	YOR284W	732 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	FIG1	YBR040W	897 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	ULP1	YPL020C	1866 nt		3.6	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YTA7	YGR270W	4140 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	SNT1	YCR033W	3681 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	CDC26	YFR036W	375 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	TAN1	YGL232W	870 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RSM27	YGR215W	333 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	COX6	YHR051W	447 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	RPC25	YKL144C	639 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YLR290C	YLR290C	834 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	YBL068W-A	YBL068W-A	237 nt		3.59	□□□□□ -1.83
SHP1	P34223	MRPS9	YBR146W	837 nt		3.59	□□□□□ -1.83

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