Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A3P12111 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms