Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms