Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms