Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC39Q9UFE4 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC39Q9UFE4 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms