Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN3AQ9NY46 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms