Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP49Q70CQ1 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
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