Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SDC1P18827 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SDC1P18827 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SDC1P18827 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SDC1P18827 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SDC1P18827 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SDC1P18827 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SDC1P18827 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SDC1P18827 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SDC1P18827 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SDC1P18827 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SDC1P18827 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SDC1P18827 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SDC1P18827 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms