Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms