Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC39Q9UFE4 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC39Q9UFE4 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms