Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SCN3AQ9NY46 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN3AQ9NY46 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms