Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC20.95■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC3Q9BQI4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms