Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
CHMP4CQ96CF2 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP4CQ96CF2 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms