Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HDDC3Q8N4P3 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDDC3Q8N4P3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
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