Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SKA3Q8IX90 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SKA3Q8IX90 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
SKA3Q8IX90 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SKA3Q8IX90 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
SKA3Q8IX90 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms