Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SYNE3Q6ZMZ3 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SYNE3Q6ZMZ3 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms