Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS53Q5VIR6 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms