Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSH2P43246 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSH2P43246 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSH2P43246 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSH2P43246 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSH2P43246 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSH2P43246 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSH2P43246 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSH2P43246 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSH2P43246 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSH2P43246 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSH2P43246 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSH2P43246 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSH2P43246 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
MSH2P43246 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
MSH2P43246 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
MSH2P43246 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSH2P43246 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms