Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
USP28Q96RU2 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP28Q96RU2 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.8 ms