Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ERCC4Q92889 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
ERCC4Q92889 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms