Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
CCDC54Q8NEL0 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms