Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PRPF39Q86UA1 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PRPF39Q86UA1 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PRPF39Q86UA1 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms