Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
HOXC9P31274 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms