Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A3P12111 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A3P12111 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms