Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS54Q9P1Q0 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms