Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SMARCAL1Q9NZC9 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms