Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
VPS39Q96JC1 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms