Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP4Q13107 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP4Q13107 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP4Q13107 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP4Q13107 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP4Q13107 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
USP4Q13107 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP4Q13107 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
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