Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXC9P31274 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXC9P31274 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms