Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCA1P28370 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms