Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SKA3Q8IX90 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SKA3Q8IX90 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms