Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD9Q3L8U1 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHD9Q3L8U1 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
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