Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN1BQ07699 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
SCN1BQ07699 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms