Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms