Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TNFRSF4P43489 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TNFRSF4P43489 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms